Türkiye'deki kariyerine 2003-2004 sezonu ara transfer döneminde Fenerbahçe'de başlayan Marcio Nobre, sarı-lacivertli kulüpte 2,5 sezon boyunca kiralık olarak forma giydi.
Nobre, Fenerbahçe formasıyla ilk iki sezonda lig şampiyonluğu sevinci yaşarken, sarı-lacivertli formayı terlettiği süre içinde ligde toplam 46 kez fileleri havalandırmayı başardı.
2006-2007 sezonunda transfer olduğu Beşiktaş'ta 5 yıl görev yapan Brezilya doğumlu forvet, lig maçlarında 35 gol kaydetti. Siyah-beyazlı ekiple 2008-2009'da lig şampiyonluğu yaşayan Nobre, 2006-2007, 2008-2009 ve 2010-2011'de Türkiye Kupası'nı havaya kaldırdı. Nobre ayrıca, Beşiktaş'la 2006-2007'de TFF Süper Kupa'yı kazandı.